교회 고유번호증 발급과 헌금 기부금영수증 — 서류·발급명세·가산세

교회를 개척하면 통장을 만들고 헌금 영수증을 발급하기 전에 고유번호증부터 받습니다. 고유번호증은 사업자등록증이 없는 단체가 세무서에서 받는 번호이고, 교회는 두 갈래 가운데 하나로 받습니다. 하나는 법인으로 보는 단체(번호 가운데가 82), 다른 하나는 1거주자로 보는 단체(가운데가 80)입니다.

성도가 연말정산에 쓸 기부금영수증에도 이 번호가 들어갑니다. 공식 서식(소득세법 시행규칙 별지 제45호의2)의 기부금 단체 칸이 단체명·사업자등록번호(고유번호)·기부금단체 근거법령으로 되어 있기 때문입니다. 그리고 영수증을 발급하는 순간부터 교회에는 발급명세를 보관하고 합계표를 제출할 의무가 생깁니다. 금액이나 인적사항을 틀리게 적으면 교회에 산출세액이 없어도 가산세가 나옵니다. 아래는 그 순서를 국세기본법·소득세법·법인세법 조문으로 정리한 것입니다(2026년 9월 현행 기준).

참고로 교회 고유번호증을 검색하는 사람은 네이버에서 월 70명 수준입니다.

3줄 요약

• 교회 고유번호증은 법인으로 보는 단체(국세기본법 제13조, 번호 가운데 82) 또는 1거주자로 보는 단체(소득세법 제168조, 가운데 80)로 받습니다. 법인으로 보는 단체는 세무서장이 신청일부터 10일 안에 승인 여부를 알려 줍니다.
• 기부금영수증을 발급하면 기부자별 발급명세를 5년간 보관하고 발급합계표를 제출해야 합니다. 전자기부금영수증으로 발급한 분은 보관 의무가 면제됩니다.
• 영수증 금액을 사실과 다르게 적으면 차액의 5%, 발급명세를 보관하지 않으면 금액의 0.2%가 가산세입니다. 직전 연도 발급 총액이 3억원을 넘으면 전자 발급이 의무입니다.

고유번호증은 두 갈래로 나옵니다

법인으로 보는 단체가 되려면 세 가지 요건을 갖추고 관할 세무서장의 승인을 받아야 합니다. 단체의 조직과 운영에 관한 규정이 있고 대표자나 관리인을 선임했을 것, 단체 자신의 계산과 이름으로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것, 수익을 구성원에게 나눠 주지 않을 것입니다. 세무서장은 신청일부터 10일 이내에 승인 여부를 통지하고, 승인하면서 고유번호를 부여합니다(국세기본법 시행령 제8조).

두 갈래는 적용되는 세법이 달라 이후 신고 기한도 달라집니다. 어느 쪽이 교회 운영에 맞는지는 교단 규정과 재산 관리 방식에 따라 다르니, 신청 전에 관할 세무서 민원봉사실에서 상담을 받아 보는 편이 확실합니다.

신청할 때 준비하는 서류

국세청 안내에 따른 기본 서류입니다. 관할 세무서에 따라 추가 자료를 요청할 수 있습니다.

1. 승인신청서 (법인으로 보는 단체의 승인신청서 또는 고유번호 신청서)
2. 정관 또는 조직·운영 규정 — 교회 규정이나 교단 헌법에 따른 운영 규정
3. 대표자임을 입증하는 서류 — 대표자 선임 회의록, 임명장 등
4. 대표자 신분증
5. 소재지 서류 — 임차한 예배당이면 임대차계약서, 그 밖에는 사용동의서

법인으로 보는 단체의 요건에는 단체 자신의 계산과 이름으로 재산을 관리하는 것이 들어 있습니다. 고유번호증을 받은 뒤 헌금을 교회 이름의 통장으로 관리하는 것도 이 요건과 맞닿아 있습니다.

헌금이 기부금 공제가 되는 조건

성도가 낸 헌금이 연말정산 공제를 받으려면 받는 쪽이 세법이 정한 종교단체여야 합니다. 법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호 마목은 종교의 보급과 교화를 목적으로 민법 제32조에 따라 허가를 받아 설립한 비영리법인과 국내에 있는 그 소속 단체를 정하고, 소득세법 시행령 제80조가 이 조항을 그대로 가져옵니다. 교단의 유지재단처럼 허가받은 비영리법인에 소속된 교회가 대표적입니다. 소속 관계가 분명하지 않다면 영수증을 발급하기 전에 관할 세무서에 확인하십시오.

성도 쪽 공제는 아래와 같습니다(소득세법 제59조의4 제4항).

표에서 보듯 종교단체 기부금은 다른 일반기부금(소득금액의 30%)보다 공제 한도가 낮습니다.

종교단체는 공익법인이 지켜야 하는 의무의 대상에서 제외됩니다(법인세법 시행령 제39조 제5항). 협회나 재단처럼 공익법인으로 지정받아 영수증을 발급하는 단체의 절차는 기부금영수증 발급 기준에 따로 정리해 두었습니다.

영수증을 발급한 뒤 해야 하는 일

기부금영수증을 발급한 교회는 기부자별 발급명세를 작성해 발급한 날부터 5년간 보관합니다(소득세법 제160조의3). 발급명세에는 기부자의 성명·주민등록번호·주소, 기부금액, 기부일자, 발급일자가 들어갑니다. 국세청이나 세무서가 요청하면 제출합니다.

여기에 더해 기부금영수증 발급합계표를 내야 합니다. 기한은 교회가 어느 갈래인지에 따라 다릅니다.

틀리게 발급하면 가산세가 나옵니다

영수증을 사실과 다르게 발급하거나 명세를 남기지 않으면 가산세가 부과됩니다(소득세법 제81조의7, 법인세법 제75조의4). 교회에 낼 세금이 없어도 가산세는 따로 부과됩니다.

영수증의 기부자는 실제로 헌금한 사람이어야 하고, 금액은 실제로 낸 금액이어야 합니다. 둘 중 하나라도 다르면 위 가산세 대상이 됩니다. 그래서 헌금을 받을 때부터 헌금자 이름과 금액을 기록해 두는 것이 영수증 발급의 전제입니다.

전자기부금영수증은 3억원을 넘으면 의무입니다

전자기부금영수증은 2021년 1월 1일 이후 받은 기부금부터 홈택스로 발급할 수 있는 제도입니다. 2021년 7월 1일 이후 전자로 발급한 분은 발급명세를 따로 작성·보관·제출할 의무가 없습니다(국세청 안내). 원래는 선택 제도였지만 2025년 1월 1일부터 직전 연도 발급 총액이 3억원을 넘는 단체는 전자로 발급해야 합니다. 전자 발급 내역은 성도의 연말정산 간소화 자료에 자동으로 반영됩니다(국세청 안내).

교회 홈페이지에 둘 것과 두지 않을 것

홈페이지에는 헌금 계좌, 영수증 신청 방법, 발급 시기를 헌금 안내 페이지에 고정해 둡니다. 교회 소식 게시판의 공지는 새 글에 밀려 내려가기 때문입니다.

반대로 주민등록번호는 홈페이지 양식으로 받지 않는 편이 안전합니다. 발급명세에 주민등록번호가 들어가지만, 주민등록번호는 개인정보 보호법 제24조의2에 따라 암호화해 보관해야 하는 정보입니다. 일반 문의 양식이나 게시판은 그 보관 요건을 전제로 만든 곳이 아닙니다. 영수증 신청은 이름과 연락처만 받고, 주민등록번호는 사무실에서 직접 확인하거나 홈택스 전자 발급으로 처리하게 설계합니다. 교회 홈페이지를 어떻게 나누는지는 교회 홈페이지 제작에 정리해 두었습니다.

이 글은 2026년 9월 현행 국세기본법·소득세법·법인세법과 시행령, 국세청 안내를 기준으로 합니다. 세법은 매년 개정되니 발급 전에 국세청 홈택스와 관할 세무서에서 최신 기준을 확인하십시오. 개별 교회의 신고는 세무 전문가와 상의하십시오.